Carta Organisasi Pertima pada masa ini, di ketuai oleh Pengurus Besar dan dipecahkan kepada empat bahagian iaitu Bahagian Kewangan & Pentadbiran, Bahagian Jualan & Pemasaran, Bahagian Pengeluaran & Teknikal dan Bahagian Teknologi Makanan & Halal.

Kedudukan keseluruhan carta organisasi PERTIMA adalah seperti gambar rajah di bawah.